Les hôpitaux du Yukon doivent s’entendre avec deux unités de négociation collective :
L’Institut professionnel de la fonction publique du Canada représente les infirmières autorisées, les pharmaciens, les ergothérapeutes, les physiothérapeutes et les diététiciens.
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L’Alliance de la Fonction publique du Canada (AFPC) représente de nombreux postes au sein des services de soutien (services administratifs, services d’entretien, laboratoires, imagerie, services alimentaires, infirmières auxiliaires autorisées, etc.).